ヒスイ峡

小滝川や青海川の巨大なヒスイが皆さんをお迎えします。
もっとも大きいヒスイは７トンもあります。
ヒスイ峡の風景の映像が流れ、川のせせらぎが聞こえます。

第1展示室　魅惑のヒスイ

糸魚川の川や海で発見された美しいヒスイ原石が展示されています。

第2展示室　糸魚川大陸時代

ヒスイの歴史や化学、古生代の変成岩や石灰岩を紹介しています。
小滝川の美しい4.6トンのヒスイの上には何やら物体が浮遊しています・・・。

第3展示室　誕生　日本列島

フォッサマグナは、日本列島が誕生した時の大地の裂け目です。
まだ、大陸であった恐竜時代の後に、日本列島は、アジア大陸から引き裂かれ、少しずつ今の形に変化してきました。ドイツ人地質学者、ナウマン博士が発見したフォッサマグナは、日本列島の誕生の秘密を解き明かしてくれます。
200インチの壁・床一体型の巨大スクリーンに展開される日本列島の誕生や、フォッサマグナと日本海の形成の映像は必ず見てほしい展示です。

第4展示室　変わりゆく大地

地震や火山、栂海新道、マイコミ平の展示のほか、糸魚川の大地のめぐみの展示もあります。
くるくる回るミュージアム検定にぜひ挑戦してみてください。

第5展示室　魅惑の化石

日本国内や世界の色々な化石が時代別に展示されています。
日本の名前がついた奇妙な形のアンモナイト「ニッポニテス」は必見です。

第6展示室　魅惑の鉱物

日本国内や世界の色々な鉱物、鉱石、隕石、岩石が展示されています。
新潟県の鉱物、日本の新鉱物のコーナーもあり、大型の元素周期表で鉱物と元素の関係もわかります。

ジオパーク情報コーナー

2009年に糸魚川はユネスコが支援する日本初の世界ジオパークに認定されました。市内の魅力的なジオサイトの詳しい情報や、国内外のジオパークの最新情報を知ることができます。

休憩コーナー

ジオパーク情報コーナーの隣には、休憩コーナーを設けています。

ミュージアムショップ

見学コースの最後にミュージアムショップがあります。
ミュージアムオリジナル書籍のほか、糸魚川産のヒスイアクセサリーや糸魚川のお菓子、恐竜の模型、科学実験キット、入門書、専門書、ハンマー、ルーペなど様々な石に関係する商品を扱っています。

ホール・研修室

講演会や団体のお客様向けに説明する際に使っている部屋です。
一般の方の研修会や上映会などにも使用できます。（有料・要申込）

展望廊下

チケットコーナーから展示室の間は両側がガラスの展望廊下になっており、日本海が見えます。
向かって右手には石の庭があります。

石の庭

フォッサマグナミュージアムの中庭は岩石で構成された石の庭になっています。
ここには、ナウマン博士が考えたフォッサマグナの位置が巨大な日本地図の上に示されているほか、ひすいの文字盤の日時計があります。
一段高い所には水琴窟があり、水の滴る音が甕（かめ）に反響して澄んだ音を聴かせてくれます。水琴窟のまわりの黒い岩石ははんれい岩で、加工の仕方によってさまざまな表面になることを見せています。